Maude Pupin

Maitresse de conférences-HDR - Informatique
CNU : SECTION 27 - INFORMATIQUE
    +33 3 28 77 85 55
Cité scientifique, bâtiment M3 extension, bureau 208 et bâtiment ESPRIT, bureau S3.47
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Maude Pupin

Maitresse de conférences-HDR - Informatique

Axes de recherche

Je suis membre de l'équipe de recherche en bio-informatique Bonsai, affiliée au CRIStAL (UMR CNRS 9189 Univ Lille). De 2000 à 2007 j'ai travaillé dans le domaine de l'analyse de séquences. À partir de 2006, j'ai développé un nouveau thème de recherche sur la bio-informatique pour les peptides non-ribosomiques.

Bioinformatique et chemo-informatique pour les peptides non-ribosomiques (depuis 2006)

Je fais partie des créateurs de la plate-forme logicielle Norine. Celle-ci est composée de l'unique base de données contenant des annotations de qualité sur les peptides non-ribosomiques, ainsi que des outils d'analyse. Certains de ces peptides ont des applications industrielles notamment dans le domaine pharmaceutique tels que la pénicilline qui est un antibiotique, la dactinomycine qui est anticancéreux, ou la cyclosporine utilisée en prévention du rejet de greffes. Ils sont de plus en plus étudiés d'un point de vue expérimental. Leurs structures 2D particulières, qui peuvent être modélisées par des graphes étiquetés non orientés, nécessitent la conception d'outils et algorithmes spécifiques pour les analyser. C'est ce que permettent les algorithmes que l'on conçoit et qui sont mis à disposition de la communauté scientifique dans Norine.
De part mon profil pluri-disciplinaire, mes contributions sont à la fois dans le domaine de l'algorithmique, avec la proposition de nouvelles pistes de recherche et l'encadrement des doctorants et postdoctorants qui les mènent ; et aussi dans le domaine du logiciel avec le pilotage des développements scientifiques et technologiques de la plate-forme Norine ; et encore dans le domaine de l'analyse bioinformatique avec l'accompagnement de collègues biologistes dans leurs recherches et même la participation à l'étude de séquences génomiques et de peptides.

Encadrement

  • 2014-2016 : ingénieur pour l'Institut Français de Bioinformatique, Juraj Michalik, missions pour CRISPR-Cas++ et Norine
  • 2013-2016 : thèse en informatique de Yoann dufresne, Algorithmique pour l’annotation automatique de peptides non-ribosomiques
  • 2013 : ingénieur pour bilille, Mohcen Benmounah, Développements pour la plate-forme logicielle Norine
  • février 2012-février 2013 : postdoctorat de Ammar Hasan, Prédiction de l’activité des peptides non-ribosomiques
  • 2010 : ingénieure Inria, Louise Ott, Développements d’une base de données privée sur les synthétases
  • 2009-2010 : ingénieure Inria, Norine
  • 2008-2012 : thèse en ingénierie des fonctions biologiques de Aurélien Vanvlassenbroeck, Étude expérimentale et in silico du potentiel de synthèse NRPS chez les Pseudo fluorescents
  • 2006-2009 : thèse en informatique de Ségolène Caboche, Mise en place d’une plate-forme logicielle pour l’analyse des peptides non-ribosomiaux

Analyse de séquences ADN (2000-2007)

À mon arrivée au LIFL (CRIStAL résulte de la fusion du LIFL et du LAGIS) j'ai continué les recherches débutées pendant ma thèse sur la comparaison de séquences nucléiques. J'ai contribué a mettre au point le décodage local à l'ordre N d'une séquence et à l'appliquer à l'étude des séquences LTR (Long Terminal Repeat) des virus de l'immunodéficience humaine (VIH).

Encadrement

  • 2000-2003 : thèse en informatique non soutenue de Laurent Debomy, Application de la N-écriture à la comparaison multiple de séquences